Сахалинский областной краеведческий музей в Южно-Сахалинске хранит коллекцию, посвящённую истории, культуре и быту коренных народов области — айнов, нивхов, уйльта, эвенков и нанайцев. Эти артефакты попали в фонды благодаря многолетней работе этнографов, которые выезжают в экспедиции, записывают легенды и описывают ритуалы, а также привозят предметы — от больших лодок до маленьких амулетов.

Первый музей на Сахалине открылся 6 декабря 1896 года в посту Александровском. В 1937 году построили музей в городе Тойохара (ныне Южно-Сахалинск) в здании, которое сейчас считается одной из визитных карточек города. После Второй мировой войны японский музей национализировали и преобразовали в нынешний областной краеведческий музей, а музей в Александровском закрыли, перевезя экспонаты в Южно-Сахалинск.

Одним из основоположников островной этнографии считается Бронислав Пилсудский. В 1896 году его отправили в ссылку на Сахалин на 15 лет за покушение на императора Александра III, где он описывал быт и культуру айнов. В 1902 году он вновь отправился на Сахалин с этнографической миссией по поручению Императорской Академии наук — закупить у айнов и уйльта коллекции предметов культа и быта для Этнографического музея Академии в Петербурге.

Результаты работы Пилсудского оказались масштабными: он собрал 1880 страниц этнографических записей об айнах, 320 — о гиляках, 180 — об ороках, 400 страниц на Амуре, более 10 тысяч айнских слов, около 300 фотографий и 30 валиков для фонографа с песнями и сказками айнов. При жизни учёный не смог полностью обработать и опубликовать записи по языку и фольклору сахалинских айнов, нивхов и уйльта, признание его вклада пришло позже. Благодаря ему музей получил предметы XIX века — посуду, ритуальные предметы и одежду.

Коллегой Пилсудского был Лев Штернберг, высланный на Сахалин в 1889 году на 10 лет и поселившийся в селении Виахту. В ссылке он занялся изучением культуры и быта нивхов: в 1891 году провёл посемейную перепись нивхов западного и восточного побережий острова, а в 1892 году сплавился по реке Поронай и далее на юг до селения Кусунай, где также переписал нивхов и ороков.

Работу продолжают и современные исследователи. Старший научный сотрудник отдела истории Ольга Соловьева, уйльтинка по национальности, работает в музее более 10 лет и передала в фонд 667 предметов и ещё 30 — в научно-вспомогательный фонд. Этнограф Татьяна Роон внесла в фонд 3484 предмета, вошедших в 243 коллекции; она изучала уйльта и эвенков, а с 2003 по 2015 год возглавляла музей.

В августе 2024 года на Сахалин прибыла первая фольклорно-этнографическая экспедиция для изучения и описания нематериального культурного наследия — песен, мифов, сказок, музыки, танцев, игр и хозяйственных практик. Специалисты неделю работали на острове, в том числе в местах проживания коренных народов, общались со старожилами и мастерами. Собранные материалы рекомендуют для включения в федеральный реестр объектов нематериального этнокультурного достояния, в который пока внесён только один объект из Сахалинской области.